В Сети в открытом доступе есть несколько очень полезных книг по R и по современным методам статистики (на англ. яз.):

Wickham H. Advanced R Programming (Продвинутое программирование на R) Работа Хэдли Уикхэма, автора таких известных пакетов для R, как, например, ggplot2 и plyr. Выход "бумажной" версии этой книги запланирован на декабрь 2013 г., однако по разрешению издательства (Chapman and Hall) ее электронная версия останется в открытом доступе. Эту книгу стоит прочитать каждому, кто планирует серьезно освоить программирование на R (наряду, конечно, с такой классикой, как "голубая книга", "белая книга" и вот эта книга).

From R: Анализ и визуализация данных: Несколько книг по R в открытом доступе